Label Free定量蛋白质组学

       Label free非标记定量蛋白质组学技术是经典的定量蛋白质组学技术。该技术不使用同位素标记物，而是直接根据质谱峰的强度来对肽段或蛋白进行相对定量。Label free以一级质谱（MS1）为基础，在保留时间轴上，同一个保留时间点可获取多张MS1 谱图。在质荷比（m/z）轴上，可以区分不同肽段的信号。在峰强度轴上，峰面积的大小间接反映肽段含量的多少。最终，利用PD、Maxquant 等软件分析三种参数，综合一个蛋白被质谱检测到的多个多肽的定量信息，给出该蛋白表达综合定量值。

 

 

 

     由于Label free技术无需进行繁琐的标记定量前处理，对于样品的损耗较少，也不会受到标记试剂标签数量的限制。因此，对于微量样品（如外泌体、co-IP产物、修饰蛋白组）、大批量队列样品（如血浆、唾液）以及Fast Proteomics（Biomarker研究）的检测，Label free技术尤为适用。该技术在各类文献中应用已经非常广泛。

|   技术路线

|   技术优势

●   检测起始样本量少，耗费低，实验周期短；

●   前处理少，更多保留样本最原始信息；

●   对于低丰度多肽的覆盖程度更高；

●   不受标记试剂盒限制，可进行大批量的样本检测。

|   主要仪器设备

|   项目经验

     银河国际已经完成上百种类型样品的定量蛋白质组学检测，蛋白质组表达具有时空差异性，不同样本的蛋白谱各有特点，下图色块大小代表的是不同样本鉴定的蛋白数量差异。

|   样品要求

|   应用方向

●   发病机理研究

●   药物靶点研究

●   疾病标志物筛选

●   植物品种改良

●   工程菌改造

●   特殊功能蛋白质筛选

|   经典案例

       国家蛋白质组中心研究团队利用Lable free技术对84例弥漫性胃癌（DGC）患者的癌与癌旁组织进行了大规模蛋白质组学筛选，从168例样本中共鉴定出11340种基因编码蛋白质（GPs）。经过层层筛选，最终选定了2538种蛋白质建立筛选模型对DGC进行重新分类。结果发现仅仅通过Lable free定量蛋白质组学数据就可以将DGC区分为PX1/PX2/PX3三种亚型。并且这三种亚型引起的功能性蛋白质组变化也各有特点，能够反映不同疾病亚型的发病机理。

      同时，该研究重点关注了PX3型的DGC患者预后较差，原因可能在于免疫相关受体或配体蛋白例如PDL1（CD274）、TMEM173 (STING)、ARG1、NT5E、CD40、IDO1、SIRPA、CD276和FCGR1A等在PX3型DGC患者癌组织中高表达。这就为肿瘤免疫抑制剂类的药物施用提供了依据，即通过Lable free定量蛋白质组数据的分析，可以为DGC患者的免疫治疗提供指导。

|   客户文献

[1]. Wang Q, Ma J, Gong Y, et al. Sex-specific circulating unconventional neutrophils determine immunological outcome of auto-inflammatory Behçet’s uveitis. Cell Discovery. 2024;10(1):47.（重庆医科大学第一附属医院）IF=14.8

[2]. Li Y, Fu Y, Zhang Y, et al. Nuclear Fructose-1,6-Bisphosphate Inhibits Tumor Growth and Sensitizes Chemotherapy by Targeting HMGB1. Adv Sci (Weinh). 2023;10(7):e2203528.(国家癌症临床医学研究中心）IF=16.3

[3]. Qiao H, Mei J, Yuan K et al. Immune-regulating strategy against rheumatoid arthritis by inducing tolerogenic dendritic cells with modified zinc peroxide nanoparticles. J Nanobiotechnology. 2022 Jul 14;20(1):323.（上海第九人民医院骨科）IF=11.4

[4]. Peng S, Li Y, Huang M, et al. Metabolomics reveals that CAF-derived lipids promote colorectal cancer peritoneal metastasis by enhancing membrane fluidity. Int J Biol Sci. 2022;18(5):1912-1932. （中山大学附属第六医院）IF=10.7

[5]. Chen L, Qin H, Zhao R et al. Bacterial cytoplasmic membranes synergistically enhance the antitumor activity of autologous cancer vaccines. Sci Transl Med. 2021 Jul 7;13(601):eabc2816.（国家纳米科学中心）IF=16.9

[6]. Chongshu Jian 1, Jiajun Fu 2, Xu Cheng, et al. Low-Dose Sorafenib Acts as a Mitochondrial Uncoupler and Ameliorates Nonalcoholic Steatohepatitis. Cell Metab. 2020 May 5;31(5):892-908.e11.（武汉大学人民医院）IF=27.7